1、掺杂掺假问题
由于鱼粉价格较贵，所以目前市场鱼粉掺假现象比较严重，残杂物种类及其繁多，有血粉、羽毛粉、皮革粉、尿素、硫酸铵、菜籽饼、棉籽饼、钙粉等，大多是廉价且消化利用率低的饲料。故在选购时应通过感官、显微镜检及分析化验等方法进行辨别。
2、盐分含量
鱼粉中盐含量不能过高，允许值各不相同，日本对出口鱼粉定为3%以下，美国规定为3%以上，7%以下。我国生产的鱼粉食盐过高，有的甚至达30%，这类鱼粉不能用做饲料。日粮中食盐过高，会导致食盐中毒，鸡最敏感。
3、 发霉变质及氧化酸败问题
鱼粉是高营养饲料，贮存过程中，在高温高湿条件下，及容易发霉变质、腐败，甚至出现自燃现象，使配合饲料的质量下降而影响动物的生长发育；脂肪含量过高的鱼粉，贮存不当所含的不饱和脂肪酸极容易氧化生成醛、酸、酮等物质，变质发臭，适口性和品质显著降低。故鱼粉贮存时应隔绝空气，并贮存于干燥避光处。如添加抗氧化剂则效果更佳。
4、 添加量
幼龄畜禽日粮中鱼粉添加量应小于10%，成年畜禽小于5%，育肥猪后期日粮可不添加，以降低成本。